На основании статьи 17 Устава муниципального образования «Пеновский район» собрание депутатов района 17 февраля 1999 года решило: «Утвердить Положение о гербе и флаге Пеновского района».

Геральдическое описание герба Пеновского района гласит: «В рассеченном лазоревом (синем, голубом) и серебряном щите под червленой (красной) остриевидной главой, обремененной серебряной, с черной головой и серебряным клювом, чайкой – три рыбы переменных цветов (две и одна) ». Летящая чайка в красном поле напоминает о славном партизанском прошлом района. Три рыбы на лазури и серебре символизируют природные богатства озерного края.

Автор герба: И.Л.Шумов.

Флаг Пеновского района представляет собой прямоугольное полотнище с соотношением сторон 2:3, разделенное на две равновеликие горизонтальные полосы – светло-синюю и белую, с красным равнобедренным треугольником со стороны древка; вдоль древка проходит красная полоса. На фоне красной части полотнища – изображение белой, с черной головой и белым клювом, чайки, на фоне светло-синей части – белая рыба, на фоне белой – светло-синяя рыба; поверх линии разделения светло-синей и белой полос расположена у свободного края полотнища рыба, имеющая расцветку на светло-синем фоне и светло-синюю на белом, чайка и рыба обращены к древку. Соотношение ширины красной полосы и длины полотнища флага 1:10. Соотношение высоты красного треугольника и длины полотнища флага 1:5.  Флаг Пеновского района составлен на основе герба и полностью повторяет его символику.